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Next Generation Sequencing

Mittels der Hochdurchsatzsequenzierung („Next Generation Sequencing“, kurz NGS) kann eine Vielzahl von Genen gleichzeitig analysiert werden.

NGS wird daher insbesondere für erbliche Erkrankungen eingesetzt, für die Mutationen in verschiedenen Genen verantwortlich sein können (heterogene Erkrankungen), wie zum Beispiel für erbliche Tumorerkrankungen. Für diese Fragestellungen bieten wir NGS Paneldiagnostiken an, welche die jeweiligen assoziierten Gene enthalten.

Dadurch werden krankheitsverursachende Mutationen schneller, umfassender und kostengünstiger identifiziert, als dies mit einer konventionellen Sanger-Sequenzierung möglich wäre.

PANELS:

Erbliche Tumorerkrankungen

Hereditäres Brust- und Ovarialkarzinom (HBOC) - Basisdiagnostik
BRCA1, BRCA2, CHEK2, PALB2, RAD51C

Hereditäres Brust- und Ovarialkarzinom (HBOC) - erweiterte Diagnostik
ATM, BRIP1, CDH1, RAD51D, TP53

Hereditäres nicht-polypöses kolorektales Karzinom (HNPCC)
MLH1, MSH2 (inkl. EPCAM Exon 9 Deletion), MSH6, PMS2

Familiäre adenomatöse Polyposis coli (FAP/MAP)
APC, MUTYH

Familiäre juvenile Polyposis (FJP)
BMPR1A, SMAD4

Kolonkarzinom
TP53, CHEK2, MUTYH, POLE, POLD1, PTEN, STK11

Kolonkarzinom mit Polyposis
APC, BMPR1A, MUTYH, SMAD4, GREM1, MSH3, NTHL1, POLE, POLD1, PTEN, STK11

Li-Fraumeni-Syndrom / Li-Fraumeni-Syndrom 2
TP53, CHEK2


Magenkarzinom
CDH1, BMPR1A, CHEK2, MLH1, MSH2 (inkl. EPCAM Exon 9 Deletion), MSH6, PMS2, SMAD4, STK11, TP53

Magenkarzinom – erweiterte Diagnostik (>25kb)
CDH1, APC, ATM, BMPR1A, BRCA1, BRCA2, CHEK2, MLH1, MSH2 (inkl. EPCAM Exon 9 Deletion), MSH6, MUTYH, PMS2, PTEN, SMAD4, STK11, TP53

Nierenkarzinom
FH, FLCN, MET, CHEK2, PTEN, SMARCB1, TP53, TSC1, TSC2, VHL

Nierenkarzinom – erweiterte Diagnostik (>25kb)
FH, FLCN, MET, BAP1, CHEK2, DICER1, DIS3L2, MLH1, MSH2 (inkl. EPCAM Exon 9 Deletion), MSH6, PMS2, PTEN, SDHB, SDHD, SMARCB1, TP53, TSC1, TSC2, VHL, WT1

Pankreaskarzinom
BRCA1, BRCA2, CDKN2A, PALB2, STK11, TP53

Pankreaskarzinom – erweiterte Diagnostik (>25kb)
BRCA1, BRCA2, CDKN2A, PALB2, STK11, TP53, APC, ATM, CDC73, CHEK2, MLH1, MSH2 (inkl. EPCAM Exon 9 Deletion), MSH6, PMS2, PTEN

Paragangliom-Phäochromozytom-Syndrom
RET, SDHAF2, SDHA, SDHB, SDHC SDHD, VHL, MAX, MEN1, NF1, TMEM127

Prostatakarzinom
BRCA2, BRCA1, CHEK2, PALB2

individuelle Tumordiagnostik (nach Rücksprache)
indikationsbezogenes und personalisiertes Multi-Gen-Panel


Erbliche Stoffwechselerkrankungen

Maturity Onset Diabetes of the Young (MODY Diabetes)
HNF4A, GCK, HNF1A, PDX1, HNF1B, NEUROD1, KLF11, CEL, PAX4, INS, BLK, ABCC8, KCNJ11, APPL1

Erbliche Pankreatitis
PRSS1, SPINK1, CFTR, CPA1, CTRC


Neurogenetik

Neurofibromatose
NF1 (ggf. SPRED1)

Tuberöse Sklerose
TSC1, TSC2


(Anforderungsformular, PDF-öffnet in neuem Fenster)

Für weitere Fragen zur molekulargenetischen Diagnostik (z.B. Rückfragen zu individuellen Panels, Bearbeitungszeiten, Probenmaterial etc.) stehen wir Ihnen sehr gerne zur Verfügung.

Eine NGS Paneldiagnostik mit einer Größe <25kb wird von den gesetzlichen Krankenkassen als Teil der regulären Versorgung übernommen. Die Durchführung der erweiterten Paneldiagnostik (>25kb) muss bei der zuständigen gesetzlichen Krankenkasse beantragt werden (diese erweiterten Paneldiagnostiken sind im Anforderungsformular separat gekennzeichnet)

Sie können uns telefonisch über unsere Zentrale 0941-94 6822-0 oder per Email unter genetik@labor-staber.de erreichen.

Methodik:

Next Generation Sequencing (NGS) ist ein Hochdurchsatzsequenzier-Verfahren, welches unter anderem für die parallele Sequenzierung mehrerer Gene (Gen-Panel-Analyse), die parallele Sequenzierung eines Großteils der kodierenden Abschnitte (Whole-Exome-Analyse) oder die Sequenzierung des gesamten Genoms (Whole-Genome-Analyse) eingesetzt wird. Je nach Fragestellung werden vor der eigentlichen Sequenzierung bestimmte Bereiche des Genoms durch Hybridisierung mit spezifischen Sonden oder durch gezielte Amplifikation mittels Multiplex-PCR angereichert. Die so erzeugten doppelsträngigen DNA-Fragmente werden mit Adaptern, Indices und gegebenenfalls molekularen Tags versehen, wodurch eine eindeutige Zuordnung jedes einzelnen DNA-Moleküls gewährleistet wird. Nach der Denaturierung und der Sequenzierung dieser DNA-Bibliotheken werden die erhaltenen Sequenzdaten bioinformatisch sortiert, gefiltert und die Sequenzen jedes Einzelmoleküls individuell an der Referenzsequenz des humanen Genoms ausgerichtet. So entsteht ein Datensatz, der in der Regel jeden zu sequenzierenden Bereich mit mehreren Einzelsequenzen abdeckt. Die Höhe dieser Abdeckung (= Coverage) der zu analysierenden Gene bestimmt die Qualitätsstufe der Diagnostik: durch höhere Coverage-Werte können Lesefehler ausgeschlossen und Punktmutationen nachgewiesen werden. Die Datensätze enthalten darüber hinaus Hinweise auf Deletionen oder Duplikationen (Copy Number Variations, CNVs) einzelner Exons.

Strukturelle Chromosomenanomalien, Repeatexpansionen (z.B. auch das Fragile-X-Syndrom) und Varianten in Bereichen mit Homopolymeren oder Pseudogenen werden durch die DNA-Sequenzierung beim derzeitigen Stand der Technik nicht zuverlässig erfasst. In diesen Fällen werden bei Bedarf alternative Methoden eingesetzt (z.B. Long-Range-PCR, Array-CGH, Southern Blot).

Medizinische Bewertung:

Mittels NGS nachgewiesene Sequenzvarianten mit potentieller klinischer Relevanz für Mendelsche Krankheiten werden unter Berücksichtigung der Standards des American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) wie folgt klassifiziert (Richards S et al. 2015):

Klasse 5: pathogen
Klasse 4: wahrscheinlich pathogen
Klasse 3: unklare klinische Signifikanz (variants of uncertain significance, VUS)

Benigne oder wahrscheinlich benigne Varianten (Klasse 1 und 2), die nach heutigem Kenntnisstand nicht als krankheitsrelevant eingestuft sind, werden nicht durch eine unabhängige Untersuchung verifiziert und im Befund nicht erwähnt, können aber auf Anfrage mitgeteilt werden.